tokunagaです。 エラーが出力されるのってありがたいですよね。 原因のヒントも出してくれますし、なにより、これでは「動かない」ということを示してくれます。 この間とあるコマンドを実行したら、回りっぱなしでうんともすんとも言わないという状態になり…

明日は東北大学 長崎正朗教授に「Exome解析」についてご講演いただきます。 おかげさまでたくさんのお申し込みをいただき、ありがとうございました。 長崎先生のお話を伺えるのを、社員一同とても楽しみにしております。 ところで、今日は今月2回目の満月で…

最近読んだRNA-Seqの論文をご紹介します。 Brooks MJ, Rajasimha HK, Roger JE, Swaroop A. Next-generation sequencing facilitates quantitative analysis of wild-type and Nrl(-/-) retinal transcriptomes. Mol Vis. 2011;17:3034-54. Epub 2011 Nov 23…

こんにちは。detです。 今日はGalaxyを用いたQCについてご紹介いたします。 これまで、このブログで「QCの道」というタイトルでFASTX-Toolkitの使い方をご紹介してきました。 今回は、このQC機能をGalaxy上で実行しつつ、Galaxyの基本的な使い方を紹介したい…

7月に東京で開催してご好評だった「Exomeデータ解析入門」を、9月22日(土)に大阪・ブリーゼプラザでも開催します。 メンデル遺伝病の疾患関連遺伝子探索を目的としたExomeデータ解析を中心に、最近注目されているデコイ配列の利用や、SNVのフィルタリング、…

akbです。 明日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第四回です。 前回はソフトウェア（BLASTとBWA）のダウンロード方法と使用方法についてご説明しました。 いよいよ今回から次世代シーケンスデータの解析が始まります。 次世代シーケンス…

hatです。 オリンピックのメダルラッシュで賑わった夏でしたが、業界的にはこの話題も負けずに盛り上がっているのではないでしょうか。 日本人初、慶應義塾大学 環境情報学部の冨田勝 教授が実名で自身の個人全ゲノムを公開 「パーソナルゲノム時代」が来つ…

先日、朝の通勤電車に揺られていたところ、 隣にいた女性二人組がこんな話をしていました。 「混んでるね〜」 「やっぱり月曜って混むよね」 「そうだね、月曜はね〜」 どうして月曜は混むのでしょう。 会社に行く人間の数は基本的には月から金で変わらない…

皆様、こんにちは。 detです。本日は書籍の紹介をしたいと思います。 「入社一年目の教科書」 岩瀬 大輔 現在の日本では、学生まではのほほんと過ごしても許される傾向にあります。しかし、社会人になった途端、ビジネスの世界の洗礼を受け、環境の激変にた…

バイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 明日8月18日(土)に第15回バイオインフォマティクス勉強会「NGSによるDNAメチル化データ解析入門」を開催します。 DNAメチル化データ解析につきまして、解析手法やノウハウをご紹介します。 お申込みいただき…

2012年9月19日（水）〜21日（金）に札幌で開催される「第71回 日本癌学会学術総会」に出展いたします。 ■ 展示内容 ・次世代シーケンスデータ解析サービスのご紹介 ＊がんのExome解析手順のご紹介 ・出張サポートサービスのご紹介 ＊解析オペレーション ＊公…

こんにちは。detです。 本日は先日ご紹介したGalaxyに関する記事の続きです。 Galaxyは、基本的には、公開のパブリックサーバーにジョブを投げて利用することになります。しかし、重いデータや、外部に出したくないデータを解析したいこともあるでしょう。特…

こんにちは。detです。 本日は以前ご紹介したGalaxyに関する記事の続きです。 先月下旬にシカゴでGalaxyに関する国際会議（GCC2012）が開かれました。全世界から数百人の参加者が集まり、活発なディスカッションが繰り広げられたようです。次世代シーケンサ…

tokunagaです。 最近はオリンピックや甲子園があり、選手たちが観客に多くの感動を与えてくれまていますね。 そんな中、アスリートに関するこんなニュースを見つけました。 アングル：金メダルか死か、「遺伝子組み換えアスリート」の実現性 遺伝子のドーピ…

バイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 9月1日(土)に第16回バイオインフォマティクス勉強会 「Exome解析」を開催します。 東北大学 東北メディカルメガバンクゲノム解析部門 長崎正朗教授をお招きして、Exome解析についてお話しいただく予定です。…

tokunagaです。 本日は書籍のご紹介をしたいと思います。 「あたらしい戦略の教科書」 酒井穣 ”戦略とはー「現在地」と「目的地」を結ぶルートである”と、まずは戦略という概念について説明されています。今の状態である「現在地」から、目標である「目的地…

NCBI SRAで公開されているデータをテストデータとして使うには、sraファイルをダウンロードした後、fastqファイルに変換する必要があります（注：fastqで公開されているものもあります）。 sra→fastq変換には、NCBIが提供しているSRA Toolkitに含まれるfastq…

こんにちは。detです。 本日はゲノムデータ解析インターフェイスツールであるGalaxyをご紹介したいと思います。 Galaxyはペンシルベニア州立大学のNekrutenko labとエモリー大学のTaylor labの共同で開発されているシステムであり、ウェブ上で利用できます。…

akbです。 7/31、京都大学 iPS 細胞研究所で『次世代シーケンシングが切り開く医学研究と展望』というテーマでセミナーが開催されました。 弊社からは、社長の山口が『NGSのための情報解析』と題しまして、講演させて戴きました。私も勉強のために参加させて…

こんにちは。detです。 今日はQCの道 その６の続きです。 FASTX-Toolkitの使い方について、引き続き紹介いたします。 ・fastx_collapser FASTA/Q ファイルの中で、同じ配列のリードが重複して存在していた場合に１つを除いてすべて削除します。入力がFASTQ形…

バイオインフォマティクス勉強会のお知らせです。 8月18日(土)に第15回バイオインフォマティクス勉強会 「NGSによるDNAメチル化データ解析入門」を開催します。 NGSによるバイサルファイトシーケンス結果からの データ解析の流れをご紹介する予定です。 詳細…

tokunagaです。 ロンドンオリンピックですね！ しかし日本との時差-8時間。 開幕してから寝不足の方がいらっしゃるようですね。 私も見たいのですが、平日は次の日のために早く寝るようにしております。 それでも寝る直前に日本代表が出てくるととても心が揺…

先日、OSX 10.8「Mountain Lion」が販売開始されましたね。 iCloudとの連携強化などいろいろな新機能があるようですが、私が一番気になっているのが音声入力機能です。 iPhoneのSiri日本語版は、最初のうちこそ面白がっていろいろ話しかけたものですが、自分…

こんにちは、detです。 先週のakbさんの記事で、ダイエットの話がありました。 何を隠そう、昼食抜きダイエットを試みていているのは私、detです。 この4月からお酒を飲む機会が増えたせいか、私が怠惰なだけなのか わかりませんが、ズボンのウエストがどう…

暑い日が続きますね。hatです。 明日はバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」の第二回です。 前回はLinuxの基本概念（CUIでの作業、ディレクトリ構造、アクセス権限など）についてご説明しました。 復習として、受講生の方に「作業ディレクトリの…

hatです。前回から随分開いてしまいましたが、BWA v0.5.xとv0.6.xの比較(1)のつづきです。 bwa v0.5.x系とv0.6.x系のマッピング結果の違いを、公開データを使って比較してみました。 それぞれhg19に対してマッピングして、samtools flagstatでマッピング結果…

tokunagaです。 本日は書籍のご紹介を致します。 「世界は分けてもわからない」 福岡伸一 ベストセラーとなった「生物と無生物のあいだ」の著者である福岡伸一さんの本です。 ランゲルハンス島やES細胞から、それとはまったく関係のないようなヒトの性格の差…

akbです。 最近、弊社の男性社員の間でダイエットが話題になっています。 お昼ごはんを抜くとダイエット効果があるのだそうです。 近日、"昼ごはん抜き"の効果をお知らせしてくれることでしょう。 ちなみに私は、帰宅時に一駅区間だけ歩いて帰ることにしてい…

以前の記事でcmpfastqというfastqファイルのペアエンドリードを揃えるツールをご紹介いたしました。本日は、cmpfastqの改良版である cmpfastq_peとの相違についてご紹介いたします。 cmpfastq_peはcmpfastqから以下の点を改良したバージョンのようです。 1. …

おかげさまで、この7月をもちましてアメリエフ株式会社は3周年を迎えました。 これもひとえに皆様のご指導とお力添えのおかげと深く感謝しております。 今後とも、なにとぞご支援ご愛顧を賜りますようお願い申し上げます。 今日は社員でお祝いをしました！