ご無沙汰しております。 tokunagaです。 最近英語のリスニングのためにTED talksを聞いているのですが、 そこでちょっと興味深いものが紹介されていました。 DNA vending machine http://www.gabebc.com/DNA-Vending-Machine 普通、自動販売機といえばジュー…

書店の統計のコーナーで目について、思わず買ってしまった一冊です。 この世で一番おもしろい統計学――誰も「データ」でダマされなくなるかもしれない16講+α アラン・ダブニー (著), グレディ・クライン (著), 山形 浩生 (翻訳) この本のすばらしいところは、…

私事ですが、社会人になって10ヶ月目に突入しました。あっという間です。今年の4月には、一丁前に肩こりに悩まされました。暖めてみたり、叩いてみたり、連日マッサージに通ってみたり、、色々試しましたが一向に改善されませんでした。 そんなとき、久しぶ…

以前研修でレゴを使った話をしましたが、 遊び足りなかったため、家でナノブロックを買ってしまいました。 作品第一弾です。 社内に「これな〜んだ？」と見せたところ、 「IGV！」「SNP！」と即答されました。さすがです。 そして「Strandが偏ってる」 とい…

学生時代に研究していた植物のタンパク質には、2つの名前がありました。 そのタンパク質をつくる遺伝子をノックアウトすると起きる現象由来の名前と、タンパク質の機能由来の名前です。そのタンパク質の研究は、ノックアウトにより起きる現象から始まったた…

神田移転祝いに頂いた観葉植物が日に日に大きくなっています。 そのうち天井に届きそうです。 私は葉が肉厚で大きい植物が大好きなので、仕事の合間に触りに行っては癒されています。 水やりは他の社員の担当なので、私は愛でる係です。 調べたところ、オー…

akbです。 サービスのカタログや技術資料が一覧できるダウンロードページをホームページで公開しました！ 新しいカタログも随時アップして参りますので、ぜひご覧ください！ ホームページのトップページからダウンロードページをご覧になる場合は、右上のダ…

先日、地元の高田公園（新潟県上越市）でお花見をしてきました。 高田公園は、徳川家康の六男・松平忠輝が築いた高田城の跡地にあります。 春は桜が空を覆う勢いで咲き誇り、夏は広いお濠を埋め尽くすように蓮が広がります。 秋は紅葉がきれいで、冬は雪が積…

Gene Mapper -core- (ジーン・マッパー コア) Fujii Taiyo 今回ご紹介するのは、遺伝子組み換えをテーマにしたSF小説です。 新しいマッピングソフトウェアの名前みたいですね（笑） 西暦2037年、生物のゲノム配列はソフトウェアのプログラムのように 容易に…

akbです。 2013年度はバイオインフォマティクスに役立つ卓上カレンダーを学会や弊社の勉強会で配布しました。Linuxコマンドの覚え方（語呂合わせ）など、ちょっとマニアックな内容になっておりましたが、大変ご好評をいただき、お手にとっていただきました。…

以前、Rのgrep()についての記事で、grep()は文字列のベクトルにのみ使えるとご紹介しましたが、今回はマトリクスやデータフレームではどうしたらよいか？という記事です。 例として以下のような文字列のマトリクスを用意しました。 1列目が季節、2列目が英語…

先日、数年ぶりに同い年の従兄弟に会いました。彼は正規表現の研究をしています。具体的にどんな研究をしているのか想像できないのですが、日頃からお世話になっている技術なので、お礼を言っておきました。 ということで、正規表現を使って、数値を3ケタの…

Pythonで計算結果を小数点以下まで得たい時、単純に val = 3 / 10 としてしまうと、結果が0になります。 val = float(3) / 10 のように、どちらかをfloat型にして計算すると0.3が返ってきます。 Perlだと $val = 3 / 10; で0.3が返ってくるので、Pythonでも…

SomaticSniperについての続きです。 SomaticSniperを実際に動かしてみます。 SomaticSniperはCentOSでも問題なく動作しますが、Ubuntuでの使用が推奨されています。 基本的な実行コマンドは下の通りになります。 必要なファイルは腫瘍サンプルと、ペアとなる…

東京にいる社員で、3/31に年度納め会をしました。 弊社オフィス近くの世界の山ちゃんにて、おいしい手羽先とお酒を頂いた後、夜桜を眺めに上野公園へ移動しました。 私たちが到着した時間には、残念ながらライトアップの光は消灯されておりましたが、公園の…

本日4月4日(金)14:00より、全社員研修のため営業をお休みをさせていただきます。 ご不便をお掛け致しますが、何卒ご了承くださいますよう宜しくお願い申し上げます。

以前、heshiさんがSomatic Mutationを検出するツールについてのブログ記事を書かれましたが、そのうちSomaticSniperについて少しご紹介します。 ・論文:（SomaticSniper: identification of somatic point mutations in whole genome sequencing data. Bioin…

会社（神田）の近くに鰻屋さんが三軒あります。 私は大学時代のあだ名が「うなぎ女」だったくらい鰻が好きなので、 会社帰りに鰻丼をテイクアウトしたり、鰻屋の座敷で白焼きや肝串を肴に 焼酎を呑んだりして、しみじみ幸せを感じています。 発作的に鰻を食…

あるディレクトリに含まれているファイルのサイズを知りたい場合に、「du」というコマンドを使います。 $ du このコマンドを実行するとカレントディレクトリ以下の全ディレクトリのファイルのサイズを再帰的に、つまり一番深い階層のディレクトリまで全部表…

会社（神田）の近くにおいしい鯛焼屋さんが二軒あります。 どちらも餡がたくさん詰まっていて、熱々の焼き立てをほうばると 小麦粉と重曹の香ばしい香りが鼻に抜け、たまらぬおいしさです。 会社が神田に移転して良かったと思うひとときです。 ところで、み…

Linux上でファイルをコピーする際に、「cp」というコマンドを使用します。 $ cp hoge.txt ../ このコマンドでは hoge.txt を一つ上の階層のディレクトリにコピーしていますね。またディレクトリをコピーする際は、以下のオプションを付けます。 $ cp -r hoge…

ディレクトリ内のファイル数をカウントしたいことがありますが、大量のファイルが存在する場合、一つ一つ数えるのはとても面倒です。 そんなときは以下のコマンドを試してください。 $ find ./ -type f | wc -l 25 カレントディレクトリ以下に存在するファイ…

Rのオブジェクトから、特定のキーワードを含む要素だけ抜き出したいときはどうしたらいいでしょうか。ベクトルの場合はgrep()関数が使用できます（grepの仲間にgrepl、regexpr、gregexpr、regexec、検索後に置換を行うsub、gsubがあります）。このgrepは文字…

Linux上でファイルを検索する場合は以下のコマンドを使用します。 $ find /home -name hoge.txt このコマンドでは、/home ディレクトリ以下で hoge.txt を検索します。ファイル名の一部しかわかっていない時は、以下のようにワイルドカードを使用できます。 …

3/28(金)に開かれる、バイオインフォマティクス勉強会「フリーソフトではじめるRNA-seq解析、ChIP-seq解析入門」のご案内です。今回の勉強会は、理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの二階堂 愛 先生のご協力をいただい…

Linux上でファイルの一覧を取得する際のコマンドである、「ls」にはいろんなオプションがあります。 例えば、以下のオプションでは、日付や権限も分かるリスト形式でファイルの一覧を取得できます。 $ ls -l ところで、通常の「ls -l」では更新時間の最小単…

以前も書きましたが、大学の卒論テーマがショウジョウバエだったhatです。 最近、ショウジョウバエを扱ったご経験のある先生とお話しする機会があり 「ハエは吸虫管（ストローのような器具）で吸って移動させる」 「エサを作ったり瓶を洗ったりするのも当時…

recursive：再帰的なという英語があります。 再帰というのは説明が難しいのですが、wikipediaによると「あるものについて記述する際に、記述しているものそれ自身への参照が、その記述中にあらわれることをいう」のだそうです。 わかりませんね。 「Aについ…

3月15日(土)に開かれる第30回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 好評につきまして、東京会場でご紹介いたしました「フリーソフトではじめるRNA-seq解析入門」を神戸会場にて開催いたします。 Linux PCでNGS解析（特にRNA-seq）を始めたい方を対…

Linuxのコマンドで $ ls -l というのがあります。このコマンドを実行すると、ファイルとディレクトリの一覧をアルファベット順で取得できます。ですがファイルの更新日時順に並べたい時も結構あります。そんな時には以下のオプションを使ってみましょう！ $ …