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微生物ゲノムの環状可視化ツール

fujinamisです。

今回はweb上で手軽に利用できる微生物ゲノム情報の環状視覚化ツールについてご紹介したいと思います。

CiVi 微生物ゲノムの環状可視化ツール http://civi.cmbi.ru.nl/

多くのゲノム論文でこのような図が使われていますので、 微生物を研究しているかたはこのような図をご覧になったことがある方も多いのではないかと思います。

簡単な使い方としては Genomeのorganismのところに生物種名を記入すると 登録されているものが表示されますのでここから選びます。 57675 Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168を選んでみました。

Data はDisplay : Gene on plus strand、Color schemeはColor : COG Category、Position ring (0-100%)は Outer radius : 90、Inner radius : 85を選んでみました。

最後に"add ring"ボタンを押すと、、、 できました。

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さらに内側に他の解析結果を足していくことができます。 Dataで他の解析を選び、Position ringで今あるリングの内側になるように設定します。

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学会発表などでただ数字のデータを見せるよりもビジュアル的にいいですよね。

このような図、某所では「はんこ図」と呼ばれていたのですが、
そこ以外では「はんこ図」と呼ばれているのを聞いたことがないので、 一般的になんと呼ばれているか知りません。 もし一般的な名称があったら是非教えてください!

fujinamisでした。