CUT&RUN-seq
CUT&RUNをご存知でしょうか。自分は調査するまでこのような技術が存在することを知りませんでした。
CUT&RUNは簡単に言うと、Henikoffらによって開発されたChIP-seqに代わる技術です。
ChIP-seqの過程で生じる架橋やタンパク質の可溶化などの影響を受けないことにより、バックグラウンドノイズが低くなります。
それによって低深度のシーケンス、少ない細胞数で解析ができるといったようなメリットがあります。
CUT&RUNの解析注意点について
CUT&RUNで使用されるpA-MN酵素はきめ細かく切断するため短い断片が多く得られます。
この断片がリード長より短い時、シーケンシング時にDNA insertを通り過ぎてアダプターまで読んでしまうことがあります。
そのため、リードの最後のアダプター配列を除去することが大事となってきます。
短い断片のアラインメントによって引き起こされる問題に対処するために、Bowtie2で使用するオプションの設定が大事となってきます。オプションについてはこちらでも紹介しております。
執筆者自己紹介・インターンシップ感想
はじめまして、アメリエフでインターンの後にアルバイトとして勤務しておりますhattoritです。
アメリエフでは、先ほど紹介しましたCUT&RUNの他にSeuratのbeta版についての調査など最先端のものについて触れてきました(バイト楽しい！)。
自分は、新型コロナウイルスの感染拡大の状況によって春休みが延長された3月, 4月あたりから、機械学習に興味を持ち始めてPythonの勉強を独学で始めました。バイオインフォマティクス関連の勉強を本格的に始めたのはインターンに応募した9月頃です。
(大学の講義がいつでも視聴できる現在の状況を活用し、時間割を調整して参加した)インターンを通して、今ではある研究室の解析をさせて頂ける程度まで成長できました。
社員の方も皆親切で、丁寧に教えていただけますし、何より近くにすごい人が居る事はとても刺激になります。
新しい環境に飛び込むことは成長を加速させてくれると感じます。
バイオインフォに興味のある方は即インターンに参加しましょう！
