アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

システム

楽しくコマンドを覚える・5

楽しくコマンドを覚える・1 楽しくコマンドを覚える・2 楽しくコマンドを覚える・3 楽しくコマンドを覚える・4 suは別のユーザになるコマンドです。 $ su 別のユーザ のように実行します。 そのユーザのパスワードを聞かれますので入力してください。 パ…

楽しくコマンドを覚える・4

Linuxコマンドの機能を楽しく覚えるシリーズです。 今回は「ssh」コマンドです。これは、リモートマシンへのログインやコマンド実行をするためのコマンドです。クライアントとリモートマシンの通信データが暗号化されるので、インターネット経由でも比較的安…

楽しくコマンドを覚える・3

ファイルの各行を並び替えるにはsortコマンドを使います。 sortコマンドにはオプションがたくさんあります。 例えば、-nで数値としてソートしたり、-rで逆順にしたり、 -kで並び替えに使う列を指定したりできます。 また、大きいファイルをソートして途中で…

楽しくコマンドを覚える・2

hatさんの「wc」コマンドに引き続き、「chown」コマンドの覚え方です。 「chown」はファイルやディレクトリの所有者を変更するLinuxコマンドです。次のように使います。 $ chown user:group FILE これで、FILEの所有者と所属グループが変更されます。 chown…

遺伝的アルゴリズム

「遺伝的アルゴリズム(以後GA)」とは、生物の進化を模倣した最適化アルゴリズムです。 「無数のルートの中から近道を探す」というような問題のように、複数の選択肢の中から最適なもの(解)を選択したいときがあります。そんなときは、最適化アルゴリズム…

楽しくコマンドを覚える・1

「wc」はファイルの行数、単語数、バイト数を表示するコマンドです。 次のように使います。 $ wc FILE 12 27 176 FILE 実行してはみたものの、どれが行数でどれが単語数かわからなく なることはありませんか?ありますね! あるいは、3つ目の数字が何を示す…

相対パスと西瓜わり

夏の風物詩の一つと言えば「西瓜わり」ですが、 西瓜に向かっている人に、どのような指示を出しますか? 「(そこから)まっすぐ前」「ちょっと右」のように 今いる場所からどちらに向かえばいいかを伝えると思います。 「北緯36度東経140度に移動してくださ…

熱中症

暑い夏が続きますが、皆様いかがお過ごしでしょうか。 こう暑い日が続くと心配になるのは熱中症ですね。 人はもちろんペットなども熱中症には要注意です。そして、それ以外にも熱に弱いものがあります。そう、パソコンやサーバーです。 冷房の効いた涼しい部…

いろいろな「さよなら」

hatです。 久しぶりにftpをコマンドラインから使う機会があり 終了コマンドがわからなくて調べたら「bye」でした。 「bye」はかっこいいなあと思いまして、 他のコマンドやプログラミング言語についても 終了コマンドを整理してみました。 exit派 ・Windows…

scp stalled

サーバー間で、データをやり取りするときによく使用するコマンドにscpがあります。 便利なコマンドなので、私も良く利用するのですが、コピーしている途中で転送速度が急激に低下し stalled という表記と共に、コピーがストップすることがあります。 原因と…

shufコマンド

「入力行をランダムに並び替えて出力する」 shufというコマンドがあることを知りました。 早速試してみました。 こんなファイルを作りました。 $ more urashima.txt むかしむかし うらしまは たすけたかめに つれられて りゅうぐうじょうへ きてみれば えに…

改行コードを確認

Linuxで作業をしていると、ファイルの改行コードやタブがどこに含まれているかを確認したい時があります。 そのような時に、私は od -c コマンドをよく使います。 例えば、以下のようなファイル hoge があったとしましょう。 $ less hoge hoge moge moge piy…

比較演算子の比較

ShellスクリプトとPerlスクリプトを書く機会が同じくらいあるので、 しばしば文法が混乱します。 面倒くさいのが、Shellでやろうと思って書きかけた処理を 途中で「やっぱりPerlにしよう」とPerlに書き直すときで、 変数が最初に出てきたときから頭に「$」が…

MacBookにUbuntu

自宅のMacBookにUbuntuを入れてみました。 既存のOSXを再インストールする必要もなく、あっけないくらい簡単でした。 手こずったのは最初家のWifiを認識しなかったことくらいですが、有線LANにつないでapt-getでアップデートしたらつながるようになりました…

余裕が大事

linuxには、処理中の一時ファイルを出力する/tmpや/var/tmpというディレクトリがあります。 巨大ファイルのソートなど、一時ファイルを大量に出力する処理では、/tmpディレクトリの空き容量が足りないと処理が止まります。 そんな時の解決策をまとめてみまし…

あとはまかせた!

突然ですが、あなたはSEです。次のような時、どうしますか? ・A、Bというプログラムがある。 ・Aは3時間、Bは6時間かかる。 ・Bは、Aが完全に終わらないと開始できない。 ・明日の昼までにBを終わらせる必要がある。 ・Aは現在実行中で、あと2時間はかかる…

なにもしない

私はずっと、緩い言語の極致であるPerlを使ってきたので、 同じ感覚でPythonを使っているとインデントや型などが適当で、 「ちゃんとしろ」と怒られることが多いです。 私がPythonでおもしろいと思ったのは、 「なにもしない」というpassという命令文がある…

64bit マシンでの Python upgrade

皆様こんにちは。 今回はCentOSの64bit版でPythonをupgradeする方法をご紹介いたします。 現行のPythonには大きく分けて 2.x と 3.x の二つのバージョンがあります。当然3.xの方が新しいのですが、2.xへの後方互換性に乏しい面があり、当面は2.xが主流です。…

Python を使ってみよう

皆様、こんにちは。 前回に引き続きPythonについて記事を書かせていただきます。 実は、日本ではPythonの知名度はあまり高くありません。 我々の業界でもPerlやRubyの方がよく使われているように感じます。 実際に、前の記事で紹介したPyConでもwebサービス…

PyCon JP 2012 に行ってきました

Pythonというプログラミング言語があります。 海外では人気がある言語でして、読みやすさとモジュールの豊富さで日本でもじわじわと人気が出てきている言語です。 つい先日、Pythonのコンファレンス PyConJP 2012 が東京で開催されました。日本中のPython使…

Linuxでソフトのバージョンを簡単に切り替える方法

Linux上で、いろんなソフトやアプリケーションの複数のバージョンを使い分けたい時ってありますよね。 そんな時に、重宝するのが、[alternatives] というコマンドです。 このコマンドを使うと、簡単にソフトのバージョンを切り替えて使用することができます…

OSX Mountain Lion

先日、OSX 10.8「Mountain Lion」が販売開始されましたね。 iCloudとの連携強化などいろいろな新機能があるようですが、私が一番気になっているのが音声入力機能です。 iPhoneのSiri日本語版は、最初のうちこそ面白がっていろいろ話しかけたものですが、自分…

「環境変数PATH」と「アクセス権限」

以前、Linux入門者がとまどいがちなものの一つが「ディレクトリ間の移動」であると書きましたが、今回は残りの二つ「環境変数 PATH」と「アクセス権限」について書きます。 先週の土曜日は、弊社のバイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」第二回で…

「Linux基礎」が始まります

こんにちは。hatです。 今週土曜日から、バイオインフォマティクス・スクール「Linux基礎」が始まります。 本コースでは、Linuxをあまりお使いになったことがない方に、Linuxの基本的な使い方からバイオ系ソフトウェアのインストール〜実行までを、実際に手…

CentOS 6.2が公開されました!

弊社でも使用しているLinuxOSの“Cent OS”に、CentOS 6.0が公開されました!!!! (詳細はコチラ) 先日、バージョン6.1が公開されたのですが、試す間もなく・・・。 何が新機能として追加されたのか、非常に楽しみです。 興味のある方は、ぜひ試してみてく…

なぜSELinuxを解除するのか

昨日の記事にて、SELinuxはセキュリティOSであると述べました。 詳細はコチラ ではなぜSELinuxを解除する必要があるのでしょうか。 昨日の図に記載しましたが、SELinuxは、サーバー内のファイルや個人情報にアクセスすることを防ぐセキュリティです。 Linux…

SELinuxとは?

本日は、SELinuxについて記載致します。 よろしくお願いいたします。 SELinuxは、“Security-Enhanced Linux”の略語であり、Linuxカーネル用のセキュリティ拡張機能です。 外からの不正な侵入を極力防ぐために開発されたオープンソース・ソフトです。 つまり…

SELinuxのわな

弊社では、次世代シーケンサーデータ解析システムを構築したサーバーを提供させていただいております(詳しくはコチラ)。 サーバーを構築する際に(上記サーバーに限らず)、毎度私がひっかかるトラップがあります。 それが、SELinuxです。 ネットワーク通…

Sambaにユーザーを登録する

先日は、Sambaの基本設定について記述しました。 本日は、Sambaにアクセスするユーザーを制限する方法を記述します。 よろしくお願いします。 アクセスすることが可能なユーザーを設定します。 例:amelieffユーザーのアクセスを可能にします $ smbpasswd -a…

Sambaの基本設定方法

昨日は、Sambaについて記述しました。 本日はLinux上でのSambaの設定方法を記述します。 1. Sambaで共有するディレクトリ(フォルダ)を作成します。 今回は、/home以下に/shareというディレクトリを作成します。 2. Sambaをインストールします。 $ yum –y i…