アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

2遺伝子を重ねて発現プロット 〜シングルセル Seurat〜

シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能をご紹介します。

パッケージについて、詳しくはこちら↓ Rで動きます。
CRAN - Package Seurat
https://satijalab.org/seurat/

f:id:Fuku-I:20191220161131p:plain

tSNA-plot や UMAP-plot 上に遺伝子発現を表現するFeature Plot
FeaturePlot 関数で描画できます。

FeaturePlot(data, features = "GENEA" )

f:id:Fuku-I:20200110164716p:plain:w200
FeaturePlot

オプション blend=TRUE をひとつ追加すると、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。

FeaturePlot(data, features=c("GENEA", "GENEB"), blend=TRUE, blend.threshold = 0.5)

f:id:Fuku-I:20200110165112p:plain:w600
blend
のグラデーションが重なり、両方の遺伝子が発現が高いと黄色になります。まさに「ブレンド」された遺伝子発現プロットです。
注:遺伝子名はブログ用に上からつけたのでちょっと見た目が異なります

オプションの blend.threshold は 0~1の値で、発現のON/OFF(図では赤/黒または緑/黒に相当)の域値を設定します。
デフォルトでは0.5に設定されています。
閾値を小さくすると、赤・緑・黄色の割合が多く、大きくすると黒の割合が多くなります。

図は横長になるので、ファイルに保存する際はサイズに注意です。