これまでにMerlinに必要なInputファイル形式に関して記述して参りました。 本日は、Merlinを用いてパラメトリック解析を行いたいと思います。 よろしくお願いします。 今回は、Merlinの“exampleフォルダ”内に付属しています ・parametric.ped ・parametric.d…

先日、連鎖解析ツールソフトMerlinのInput ファイルの一つであるpedファイルに関して記述致しました（詳細はコチラ）。 本日は、datファイルとmapファイルのファイル形式を記述致します。 ■datファイル（Describing the pedigree file） datファイルは、ped…

先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトMerlinについて記述致しました (こちらに関する記事はコチラ)。 MerlinではInput ファイルとしてpedファイル、datファイル、mapファイルが必要です。 本日は、pedファイルのファイル形式を記述致します。 ■pedファイ…

これから幕張メッセで開催されております分析展2011科学機器展2011に向かいます。 詳細はコチラ。 9/7(水) - 9/9(金)の3日間開催されております。 分析展2011科学機器展2011は、分析展2011と科学機器展2011の合同展示会です。 実は、私が学生時代に開発した…

先日、連鎖解析の為のフリーツールソフトが紹介されているサイトを御紹介させていただきました（参照）。 本日は、その中からMerlinというソフトを紹介させていただきます。 よろしくお願いします。 Merlinは、家系データを用いてパラメトリック解析、ノンパ…

本日も気になるニュースを御紹介します。 東大グループ、有機合成物質から人工細胞を構築 上記は、細胞を“生体”からではなく、“物質”から人工的に作成したという記事です。学生時代に、少々細胞を取り扱っていたこともあり、この様なニュースはとても気にな…

アメリエフでは、原則偶数月にバイオインフォマティクス勉強会を開催してきましたが、実践にすぐに「使える」ようになるには、座学ではどうしても限界があります。 バイオインフォマティクスは実践を通して訓練することで身に付くという前提にたち、体系的に…

新入社員（新卒）募集のお知らせ アメリエフ株式会社では、2012年3月卒業もしくは、既卒2年以内の方を正社員として募集します。 【募集要項】 対象：生物学・医学・薬学などのバイオ系大学および大学院(修士・博士)を2012年3月に卒業する予定の方、もしくは…

10月1日(土)に開かれる第10回バイオインフォマティクス勉強会のご案内です。 今回のテーマは、「SNPデータ解析入門」です。 タイリングアレイ（Microarray）や次世代シーケンサー（NGS）により得られたSNPタイピング情報から、GWAS解析や連鎖解析などの遺伝…

本日も気になる記事を紹介させていただきます。よろしくお願いします。 広島大学で、鬱病診断の指標を血液検査で行うという報告がなされました。 詳細はコチラ。 より詳細はコチラ。 鬱病という病気は、気持ちの病気であることから、見える形として表れにく…

最近、宇宙関連のニュースに目が行くタノです。 ということで、本日は、宇宙関連で気になる記事を2つ紹介致します。 地球に似た惑星を発見！ 地球からわずか36光年離れた場所にある惑星です。中心星（太陽系だったら太陽）からの距離が太陽から金星より少し…

昨日は遺伝統計解析である連鎖解析について記述しました。 連鎖解析のためのオープンフリーツールソフト（以後、連鎖解析ツール）が紹介されているサイトをご紹介します。 コチラのHPをご覧ください 解析ごとに分類わけがしてあり、とても使いやすいサイトで…

本日は連鎖解析に関して記述します。 よろしくお願いします。 まず遺伝連鎖は、特定の対立遺伝子の組み合わせがメンデルの独立法則に従わず、親から子へ一緒に遺伝することを言います。 上記の記述を図にしてみました（Figure 1）。 Figure 1 遺伝連鎖のイメ…

気になる記事がありましたので、ご紹介します。 Microsoft社のWindows OS 新バージョンのOS、“Windows 8”がmsdn blogsに紹介されていました(詳細はコチラ)。 今回、Windows 8ではコピー機能を充実させるようです。 下記にblog内容を引用します。コピー機能に…

ガリレオシリーズでも有名な東野圭吾氏の作品、「流星の絆」を紹介します。 流星の絆 東野圭吾 講談社 幼い3人の兄弟が、両親の目を盗み、ペルセウス流星群を見に行っている間に、彼らの両親が何者かに殺害されるところから、物語は始まります。 警察との駆…

本日Googleを開いてみると、ロゴが“ホルヘ・ルイス・ボルヘス氏”のイメージロゴに変わっていました。今日で、生誕112周年だとのこと。 お恥ずかしい話ではありますが、私は全く存じておりませんでしたので、またまた調べてみました。 ホルヘ・ルイス・ボルヘ…

昨日は、RAIDについて記述しました。本日は、RAID0とRAID1について記述します。 RAIDのレベルは0-6まで存在します。しかし実際に利用されるのは、RAID 0, RAID 1, RAID 5だそうです。 RAIDの数字は、働きの種類を表します。この数字を選択することで、目的の…

先日、弊社よりシステムの販売に関する記事を掲載致しました。 よって本日は、システム繋がりということで、“RAID”について記述します。 記述しますとは言いましたが、実は、私も先日社長より御教授いただくまで、「レイド？・・？？」という状態でした。 こ…

気になるニュースがありましたので、記載します。 ホッキョクグマとヒグマが遺伝的につながっているという記事が、米雑誌であるCurrent Biologyに掲載されました。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110813-00000014-jij-soci ホッキョクグマとアイルラ…

次世代シーケンサー（NGS）のデータ解析で利用するソフトには、専用ソフトやオープンソースソフトウェア、さらには自作のプログラムなど、いくつかの選択肢がありますが、自分の研究テーマにぴったりのソフトはなかなか見つからないのが現状かとおもいます。…

福岡から帰ってきました。 久しぶりに出身研究室を訪問しましたが、たった4ヶ月で私の知らない空気が所々に漂っておりました。 しかし、不思議なもので後輩たちと過ごすにつれ、まるで今も研究室に在学しているような錯覚に陥りました。とても居心地がよく、…

8月26日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会の御案内です。 今回は、「Ion Torrent入門」と題しまして、 ライフテクノロジーズジャパン株式会社様の御協力のもと、2部構成とさせていただきました。 【プログラム】 第1部「Ion Torrentの技術的な解…

平素はアメリエフ株式会社のサービスをご利用頂きまして、誠にありがとうございます。 お盆休みは、平常通り営業いたします。 お問合わせは、下記URLからお願いいたします。 お問い合わせ｜アメリエフ株式会社 | amelieff

最近、NHK白熱教室シリーズをよく見ています。 頻繁に再放送されているので、気になるテーマがありましたら、覗いてみてはいかがでしょうか。 マイケル・サンデル教授の政治哲学 ハーバード白熱教室：http://www.nhk.or.jp/harvard/index.html 起業家育成講…

キムです。 最近読んだ本のご紹介です。 遺伝子医療革命 The Language of Life フランシス・Ｓ・コリンズ (著), 矢野 真千子 (翻訳) パーソナルゲノム医療の時代は始まっている！ トップ・サイエンティストが、誰にでも分かりやすいように、遺伝子医療につい…

2011年7月22日発売の、細胞工学8月号のテーマは、「次世代シークエンサーを使いこなす」です。 弊社からは「次世代シークエンサーデータ解析受託」広告を掲載させていただきました。 機会がありましたら、ぜひご覧ください。

もう1週間前にもなりますが、yahooニュースに気になる記事がありました。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110803-00000066-reu-int 欧州男性の半数がツタンカーメンと同じ遺伝子ルーツ。 エジプト好きの私には、たまらない記事です。 こちらの記事にも…

明日の夜、福岡に帰省します。 久しぶりに恩師や後輩たち、家族と会ってきます。 福岡を離れてたった4カ月ほどですが、とても長い期間福岡を離れていたような気がします。 きっとこの4カ月、とても充実した毎日を過ごすことができたからでしょう！ 福岡はお…

小学生の頃、8/6および8/9と言えば、夏休みの中で唯一の登校日でした。 登校日は、歴史・戦争の勉強を行った覚えがあります。 当時は、正直「せっかくの休みなのにな」「昔の事でしょ」と強く思っていたような気がします。 歳を重ねるにつれて、小学生の頃の…

明日8月5日(金)に開かれるバイオインフォマティクス勉強会を再度御案内させていただきます。 今回の勉強会は、「MiSeq入門」と題しまして、イルミナ株式会社様の御協力のもと、2部構成とさせていただきました。 第1部「MiSeqの技術的な解説」(担当：イルミナ…