Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Rパッケージ "ReactomeContentService4R" の getPathways() 関数を使って、Reactome Pathwayの最上位のPathway名を検索する。

GATK liftoverVcfでVCFのゲノムビルドを変換する方法です

シーケンスリードをゲノムにマッピングしたあと、カバレッジやデプスなどを簡単に確認する方法を紹介。samtoolsを使います。

Rを使って、発現マトリックスに遺伝子の色々な情報を追記します。

Biopythonを使った「配列アライメントの実行」と「分子系統樹の描画」を紹介します💫

BAM/SAMファイルのヘッダーにある項目のひとつ「PP」タグについて説明します。エラー対処法も。

LInuxのsedコマンドでbedファイル内の染色体名を変更する方法

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

VCFを分析できるPythonモジュール・cyvcf2の紹介です⭐️

日本分子生物学年会にて、入門者向けのセミナーを行いました（ででん！） 年会に参加登録した方は2021/01/29 まではアーカイブとしてご覧いただけます。

全ゲノムFASTAだけでなく、染色体ごとのFASTAの入力が必要な解析ツールってありますよね🥺全ゲノムFASTAならある、、、そんな時はpythonですぐに作れます💫

眠ったままのデータはありませんか？アメリエフに相談して、気持ちよく年末を迎えましょう！

これでできそう！と思っても結果をよく見てみると思ったのと違うこともある．横着せず，プログラムが指定するちゃんとしたフォーマットのファイルを入力しましょう

SnpSift filterでsnpEffの複雑に見えるアノテーション結果をフィルタします。

Rをソースからビルドしてインストール！！ （語感がルー◯柴感ある）

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします！

Anaconda, Reseq, 環境構築

AnacondaでYAMLファイルを使った簡単解析環境構築！YAMLファイルを解析環境の設計図のように用いて、複数のツールやパッケージを自動的にインストールできます。

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

「あれ？この遺伝子どこにあったっけ？」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について！

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから

web上で手軽に利用できる微生物ゲノム情報の環状視覚化ツール「CiVi」の使い方をご紹介！

bcftools queryを使うと、VCFまたはBCFから、任意の形式で列を抽出して出力することができます。例えば好きな列だけ拾ってタブ区切りテキストに。めちゃ便利！ 最後に読者への挑戦(?)もあるよ

bcftoolsは、NGSを用いた変異解析で用いられる、変異を記述するVCF(variant call format)形式のファイルを扱うためのユーティリティです。多機能かつ結構速い。よく使う機能を解説します♪

「はてブロ今週のお題：人生最大の危機」は子ども時代のインフルエンザでした。今日は、打倒ウイルス研究に役立つ!? Influenza Virus Database を紹介しちゃいます。

ちょっと前にmiya-yさんがシングルセルATAC-seqについて記事を書いていたので便乗します。 CITE-seq解析について概要と関連ツールのご紹介。Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing 略してCITE-seqです。

マルチFASTAを配列ごとに分割するツールについてご紹介！

de novo transcriptomeアセンブリングツール "Trinity"のインストール方法完全版！ Trinityの名前の通り、大きく三つのアルゴリズムでできています。