バイオインフォマティクス
「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です
「あれ？この遺伝子どこにあったっけ？」 遺伝子アノテーションソフト"SnpEff"の隠れた名機能、遺伝子シンボル ⇨ BED の変換について！
クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。
ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから
web上で手軽に利用できる微生物ゲノム情報の環状視覚化ツール「CiVi」の使い方をご紹介！
bcftools queryを使うと、VCFまたはBCFから、任意の形式で列を抽出して出力することができます。例えば好きな列だけ拾ってタブ区切りテキストに。めちゃ便利！ 最後に読者への挑戦(?)もあるよ
bcftoolsは、NGSを用いた変異解析で用いられる、変異を記述するVCF(variant call format)形式のファイルを扱うためのユーティリティです。多機能かつ結構速い。よく使う機能を解説します♪
「はてブロ今週のお題：人生最大の危機」は子ども時代のインフルエンザでした。今日は、打倒ウイルス研究に役立つ!? Influenza Virus Database を紹介しちゃいます。
ちょっと前にmiya-yさんがシングルセルATAC-seqについて記事を書いていたので便乗します。 CITE-seq解析について概要と関連ツールのご紹介。Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by Sequencing 略してCITE-seqです。
マルチFASTAを配列ごとに分割するツールについてご紹介！
de novo transcriptomeアセンブリングツール "Trinity"のインストール方法完全版！ Trinityの名前の通り、大きく三つのアルゴリズムでできています。
アレイデータとNGSデータをIGVで並べたい 最近、メチル化アレイのデータをNGSデータと並べて見てみたいから、IGVで可視化できないかと相談を受けました。 日頃、様々なツール間でデータをやり取りするためにファイルを変換するスクリプトをよく書いているの…
bamファイルから一部の領域を切り取るときはbedtoolsを使うことが多いですが、ほしい領域が1箇所〜少ない場合はsamtoolsが手軽&高速です。 ツール豆知識シリーズ・新作！(?)
Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…
VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう！ Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…
こんにちは。 VCF（variant call format）ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT（genotype、遺伝型）が載っています…
kimotonです。 今回はMultiQCを紹介します。 その名の通りマルチなQCツールです。 論文はこちら マルチなQCツールなんて言いましたが、要するにバイオインフォマティクス系ツールの結果ファイル、ログファイルをまとめていい感じにレポートにしてくれるツー…
こんにちは。新入社員のFukuです。 アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛？」といわれます。ううんそれはバイソンで、パイソンはニシキヘビです。 なんなら、バイソンと水牛も違う種だし。つっこみが追いつかない！ さて、Pyth…
抗体のV(D)J配列のマッピングする場合には、BLASTのアルゴリズムを利用したIgBLASTはとても便利です。 しかし、FASTQファイルが使えないことや、出力結果が独自フォーマットであることなどから、扱いづらいと感じることもあります。 また、ローカルで実行す…
Hatena Blogに移行してから初投稿になります。 どうもmisawatです。 お客さん向けのBlogチックなテキストは毎回書いてるんですけどねぇ・・・。（← 言い訳です。はいスイマセン。） さて、かの有名なメタゲノム解析プログラムQIIMEがメジャーバージョンアッ…
「アメリエフに興味ある学生向け交流会」というと、お堅い印象になってしまいますが、今回の会はおそらく名前がなかったので、こんなタイトルにしてみました。 初めまして。去年の9月からインターン生として、お世話になっておりますkimoton と申します。ア…
LTR解析について連載するとか言っておきながら何ヶ月たったことか・・・ どうもmisawatです。大丈夫です。生きてます。 さて、期間が大分空いてしまいましたが、第二回として 「LTRの研究事例」 について紹介していきたいと思います。 やはり「どんなことが…
現在、アメリエフはNGSデータを中心に解析を行っています。 しかし、もともと起業した社長は遺伝統計学のバックグラウンドがあり、最初はSNPアレイデータ解析の会社でした（そもそも、創業当時はNGSが今ほど普及していませんでした）。 とはいえ、ここ数年ず…
〜前置き〜 だんまりを決め込んでいました。 どうもmisawatです。 たまにはInputだけではなくOutputせねば！と謎の義務感にかられたので記事を書きにきました。 テーマは「LTR (Long Terminal Repeat)」の解析です。 ・・・。 はい。 「繰り返し〜」とか「リ…
今夏は慎重に行動していたおかげでほとんど蚊に刺されていなかったのですが、お盆休みで実家に帰ったところ、寝ている間に10箇所も刺されてしまいました。 せっかく気を付けていたのに、台無しです。 無理やりこじつけますが、気を付けるといえば、ヒトのシ…
RNA-seqのアライメントツールHISAT2についてご紹介します。 HISAT2は、当ブログ内でもたびたびご紹介してるTopHat2開発グループが作った、TopHat2の後継ソフトです。 TopHat2より速いしメモリもそんなに使わないとアピールしています。 ゲノムに対して小さな…
去年、The Scientist誌が選んだ革新的技術トップ10（Top 10 Innovations 2015）の1位を飾った技術、それが、スタートアップ企業10x genomicsが開発した、「GemCode」と呼ばれる次世代シーケンサーの新しい前処理技術です。 GemCodeの技術を簡単に説明すると…
バイオインフォマティクス初心者が勉強を始める際に、最初に立ちはだかる壁は、Linuxという未知のOSとの相対だと思います。 最近はVirtualBoxなどの仮想化ソフトもネットにたくさんありますので、導入すること自体は皆さんできるかと思います。しかし、もし.…
Cytoscapeは、複雑なネットワークおよびその属性の図示、統合、分析に用いられるオープンソースのソフトウェアです。 遺伝子ネットワーク、ソーシャルネットワーク、路線図など、点(node)と線(edge)で構成されるデータセットを可視化することができます。 デ…
前回のブログでも少し触れましたが、10x Genomicsが開発したGemCodeシステムは、ショートリードから擬似的にロングリードを生成する革新的な技術です。 今回はそのGemCodeシステムに対応したゲノム解析パイプラインLong Rangerのご紹介をしたいと思います。 …
