… Linux 2）とDockerの組み合わせで、ストレスフリーな解析ライフを送っていました。しかし、その平和は突然終わりを告げます。 快適だったはずのWSL2 + Docker開発環境 WSL2とDocker Desktopの連携は、もはやWindowsにおけるモダンな開発の「常識」と言っても過言ではないでしょう。 Windowsの使い慣れたUIと、Linuxの強力なコマンドラインツールやコンテナ技術が融合し、最高の開発体験を提供してくれます。 すべてがこの環境上で快適に進ん…

…ウェアの代表格であるDockerの紹介を通じて、仮想環境の入門記事を書いてみようと思います。 「仮想化」「仮想環境」「コンテナ」・・弊社の受託解析業務でも頻繁に登場するワードですが、馴染みのない方には難しく感じられるかもしれません（私もそうでした）。 今回はそのような方向けに、「仮想環境とはなんぞや」「Dockerって何がいいの？」といった疑問にお答えします。 そもそも仮想環境って？ 仮想環境とは、お使いのPCの中に他の部分から完全に隔離された「小部屋」を作る技術です。この小…

…や利便性の観点から Docker などの仮想環境を使うことが主流になってきています。 ただ、仮想環境まわりのデータ形式は色々とあるため、その変換方法が分かりにくいと感じる方も多いのではないでしょうか。 今回は、仮想環境の各種データ形式の変換コマンドのうち、備忘録がてらよく使うものをご紹介していこうと思います。 環境 作業環境 Windows 11 Pro 24H2 Ubuntu 22.04.2 LTS on WSL2 Docker v24.0.2 Apptainer v1.3…

…の作成 ③解析環境（Dockerイメージ）の作成 ④ヒートマップ描画用Nextflowスクリプトの作成 ⑤「nf-core」のNextflowスクリプトの編集 ①ソースコードのダウンロード 「rnaseq」のソースコードをダウンロードするためには、nextflow clone nf-core/rnaseqコマンドを実行します。 実行後、現在のディレクトリに「rnaseq」ディレクトリが作成され、その中にソースコードが格納されます。 ②解析プロトコル（Rスクリプト）の作成 ヒー…

…れていて、それぞれにDockerコンテナが配置されています。 1番のブロックでは、入力したFASTQファイルに対しクオリティコントロール（FastP or Trim Galore!）を実行します。 これにより、FASTQファイルのクオリティチェックやトリミング、クリーニング作業が行われます。 2番のブロックでは、リードデータのマッピング（STAR or HISAT2）および発現定量（Salmon or RSEM）、 3番のブロックでは、MultiQCを使ったクオリティチェック…

…ラットフォームとしてDockerを使用する場合は、事前にインストールしておく必要があります。 Macの場合、「docker docs」にアクセスし、dmgファイルをダウンロードしてインストールします。 ただし、ライセンスには注意が必要です。 アカデミアの場合は無料ですが、一部の企業では有料となります。 詳しくは公式サイトをご参照ください。 Windowsの場合、Mac版と同様に、exeファイルをダウンロードしてインストールします。 Linuxの場合、詳細は割愛しますが、sud…

…イプラインは基本的にDocker上で動作し、コンテナベースとなっています。 「nf-core」を利用するメリットは非常に大きいと言えますが、公開されているパイプラインには一部不具合が含まれていることもあります。 注意しつつ利用し、必要に応じて自分自身で修正します。 また、Nextflowを効果的に利用するには、GroovyやLinuxの基本的な知識、そしてPythonやRの知識も要求されます。 最後に、「nf-core」コミュニティのウェブサイトを覗いてみましょう。 現時点で…

…ngularityはDockerのような仮想コンテナを作成するツールです。 しかし、作成したコンテナ内はDockerコンテナと異なり、ツールのインストールやファイルの書き換えなどができません。 今回は、Singularityコンテナを編集する方法について紹介します。 コンテナイメージの作成 まずは、コンテナイメージを準備します。 Dockerfileのように自分で書いて準備することも可能ですが、今回はsingularity pullを使い、DockerのイメージをSingul…

Docker🐳始めました、iijm-lです🌻 ＿人人人人人人人人人人人人人人＿ 💻 🍎 ＞ ストレージが圧迫しています！ ＜ ￣Y^Y^Y^Y^Y^Y^Y^Y^Y^Y^Y^￣ 🌻「...............🙃？」 ストレージ圧迫事件、発生！ なんだか最近ストレージがすぐいっぱいになってしまうんですよね。 困った......そんなに大きなファイルをダウンロードした覚えはないのに......🥺 とりあえず、ストレージを確認します。 このMacについて＞ストレージ かなり満杯で…

…最近の僕のblogはdockerとかの技術系をずーっと書いてた気がするので、久しぶりに別の話をしましょー。 みなさん、この前(6/21)の日食は見られましたー？？ 太陽が月にかくれましたねー。今日は、これに関連して（僕の前の専門だし綺麗な現象だし、せっかくなので）「食」（食べる方じゃないよ！）を紹介しますね〜 いろんな「食」 日食 月が太陽を隠すタイプの食。皆既日食で見えるダイヤモンドリングとかは綺麗（これ見せてプロポーズした人がいるよ）。 これは月の大きさと位置が地球から見…

…存知、仮想化ツールのdockerについてのお話です。 以前の記事でdockerの簡単な使い方についてあったかと思います。この記事では、ちょっとだけ発展して、Dockerfileを用いたdockerイメージ生成、およびdockerイメージに対する設定を、dockerコンテナ内でのユーザ設定を例にとって見ていきましょー dockerコンテナ内でのユーザ 普通にCentOSなどのイメージをpullしてコンテナとして実行するとその初期ユーザは（一部別ユーザの場合もありますが基本的には…

…簡単に扱えるツール、dockerの使い方を簡単に紹介しまーす。 dockerってなんぞ？ 詳しい説明はdocker公式サイトにお任せしますがここでは簡単に説明しておきましょう。dockerは以下のような仮想環境を簡単に用意できるオープンソースのプラットフォームです。 一台のサーバやPC内に簡単に複数のOSを含む環境を用意できる 複数のサーバに分割する処理のテストもできる はい、なんのこっちゃって話ですが、上の二つの性質はこんな時に便利なのです。 mac使ってるけど、CentO…

…とも出来るのですが、Docker imageがあるので、インストールもとって楽ちんです。 Docker環境が出来ているならば、以下のコマンドを打つだけでインストールできちゃいます。 docker pull qiime2/core:2017.10 ちなみに実行はこんなかんじ。 docker run -t -i -v $(pwd):/data qiime2/core:2017.10 qiime うん。簡単簡単。 QIIME2へのデータ入力 データのインポートですが、様々な形式に対…