アメリエフの技術ブログ

Amelieff Staff Blog

「あさ会」を始めてみた。その効果は!?

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"(あさかい)を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも!いま感じている効果とデメリットをまとめます

Seuratオブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説!

BAMから、depth10以上の領域を示すbedを作る方法【bedtoolsの使い方】

アラインメントファイル(BAM)から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル(BED)を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeRにおける比較グループ指定の方法

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう!【コマンド例あり】

今年も勉強会を実施しました。〜NGSデータ解析を内製化するか外部委託するか決定法〜

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開!

Linuxサーバでblastnを実行する・ダウンロード方法

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux R Python入門におすすめの本

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます!

メタゲノム解析16S rRNA配列の2大データベース

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

Rで重複しないrownamesを作る

統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)!

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

PLINKにvcfを読み込む方法

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

single cell RNA-Seqデータから コピー数変異を予測

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

データ解析の学び方(雑談)

社員たちの会話@マスクランチ会

2020年振り返り

2020年を振り返ります。人材と、新しい技術やサービスが思い出されます。

データの大掃除はいかが?

眠ったままのデータはありませんか?アメリエフに相談して、気持ちよく年末を迎えましょう!

R, Rstudioでスクリプト読み込みは文字コードに気を付けて

今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します(*^ー^*)

リシーケンス解析でのPCR duplicateの扱い

本日のテーマはPCR duplicateの除去について。とは? なぜするの?

バイオインフォマティクスをリモート講義で学習💻実際どんな感じ?

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします!

(Rで)オブジェクトの名前を文字列として取り出す。関数内でも使える

オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて! おまけ:納豆のはなし

Trinityを使った de novo transcriptome assembly + 発現比較

Trinityは de novo transcriptomeアセンブリングツールです。ここまでは有名(?)ですが、アセンブリ済みデータをリファレンスとして利用して、RNA-seqのマッピングや発現比較まで出来ちゃいます。

Macでターミナルとマウスを適度に使う 小技Best3

MacPCをターミナルのコマンド(bash)とマウスを組み合わせて操る、一流仕事術! (by "一流のほにゃほにゃ"がマイブームのブログ管理人 )

ディスプレイとノートPCの接触を良くするたった一つの方法

ディスプレイとノートPCの接触が悪かったとき。ありとあらゆるケーブルを挿し直して検証した結果・・・

Macで簡単にSCPできるアプリFileZillaの紹介

サーバとPC間でファイル転送する便利なアプリ"FileZilla" 簡単な紹介 と、筆者が遭遇した謎エラー「PNGをテキストエディタで開ません>_<」の回避策。

reseq 解析超入門

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

pca, tsne, umapの座標を書き出す

シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。

FastQCをたくさんかけたら・・・| FASTQのクオリティコントロール

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

FASTQをペアリードに分割する

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから

NGS解析と楽しい解析ログ

解析ログが楽しいソフトウェア2選!

空間的なトランスクリプトーム

spatial transcriptome の様々な手法①

2遺伝子を重ねて発現プロット 〜シングルセル Seurat〜

シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。