アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

アメリエフの隣の駅

社員の日々シリーズ。会社帰りにイルカの巻🐬

【12/3開催】 第8回アメリエフオープンセミナー「次世代シーケンサー (NGS) を用いた遺伝学的検査に関する取り組み」のお知らせ!

「今週のお題:紅葉狩り」の季節ですね! 12月も迫っているのに紅葉狩りの季節とは不思議な感じですが、名所は大変賑わっていると聞きます。 さて、そんな素晴らしい季節にアメリエフ公開セミナーのお知らせです。

Hello world! コンピュータからメッセージ!?

スマートフォンとおしゃべりできる時代... 私の仕事で使うサーバもあいさつくらいしてほしい! 軽い気持ちで .bashrc をいじってみたらscpをめぐる戦いが始まった...?!

バリアフリー

ソフトウェアの警告メッセージに教わった話です。作図のときは、色盲の人にも見分けやすいように色分けしよう。

prefetchがタイムアウト? SRAToolkit 2.10 を使おう

NCBI のSequence Read Archiveからデータを取得しようとしたら、タイムアウトしてしまった私。つい先週公開された最新版のSRAToolkit 2.10 を使おう!

インフルエンザウイルスを調べよう

「はてブロ今週のお題:人生最大の危機」は子ども時代のインフルエンザでした。今日は、打倒ウイルス研究に役立つ!? Influenza Virus Database を紹介しちゃいます。

第49回バイオインフォマティクス勉強会を開催しました

7月の勉強会の模様をお届けします(^-^) 東京では久しぶりの晴れ空となったこの日。 テーマは 1. NGS解析頻出データフォーマット解説 2. Pythonを使ってNGSデータを自分好みのExcelにまとめる。

国際ゲノム会議に参加しました ③New Technology

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第三弾は、NGS新技術について。いまどきは塩基を読み取るだけじゃない!?

国際ゲノム会議に参加しました ②クロマチン・シングルセル

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第二弾は、クロマチンの立体構造解析と、シングルセル解析のこれから!

国際ゲノム会議に参加しました ①バイオバンク・データベース

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第一弾は、UKの研究者が紹介するバイオバンク・データベースの取り組み。-omicsデータの蓄積も進み、データの活用が期待されます。

single cell RNA-seqで、アイソフォーム解析!

bulk RNA-seqでできる解析が、どんどんシングルセルRNA-seqでもできるようになっています。 シングルセルの全長RNAシーケンシング・解析をご紹介!アイソフォームや融合遺伝子の解析に。

BAMファイルの切り取り bedtools intersect ? samtools ?

bamファイルから一部の領域を切り取るときはbedtoolsを使うことが多いですが、ほしい領域が1箇所〜少ない場合はsamtoolsが手軽&高速です。 ツール豆知識シリーズ・新作!(?)

Rスクリプトの使い方 ②Rスクリプトで図を描画

Rで作図するとき、コマンドを一つ一つ打つと出来るのに、Rスクリプトを実行するとうまく描画できないこと、ないですか? Rスクリプトでも問題なく描画するルール2選!

Rスクリプトの使い方

長いコマンドを打つときや、 同じコマンドを繰り返し実行するときは、スクリプト(ファイルに書いておいたコマンド)を使うと便利です。 Rでスクリプトの使い方、2選!

解析の専門家に実験的知識を添えて【シングルセル RNA-Seq】

シングルセル RNAシーケンスの分野で、ご相談により確実にお応えできるよう、 シングルセルのライブラリ調整を勉強してきました!

イノシシとブタのはなし

年末が近づいて参りました。 みなさん、それぞれの年賀状を出しているころでしょうか。 平成31年(2019年)の干支は亥! イノシシ! と、言いつつも... 実は生物分類上は、イノシシはブタと同じ種 Sus scrofa なのです❗️ どちらも常染色体が18対 + 性染色体2…

timeコマンドで計算時間とメモリを調査

東京都港区、新人OLさんからのお便りです。 こんにちは。いつも楽しくブログよんでいます。 Cufflinksというソフトウェアの、解析にかかる時間と最大メモリを調べたいのですが、簡単なコマンドはありませんか? これからもがんばってください。 こんにちは。…

(Rで)VCFにアノテーション "VariantAnnotation" ②

Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…

(Rで)VCFの読み込み "VariantAnnotation" ①

VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…

「QMerge」 VCF統合、アノテーション、テキスト出力ソフトウェア

弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…

昨日できた計算が今日できない

パソコン苦手な人の「何もしてないんですけどぉ」は、絶対何かしてる ーーコンピューターの不具合あるある よく聞きますね。 ついに自分でもやってしまった新入社員です。 エラー対処の試行錯誤を少しでも減らせればと思い、対策をブログに書いておきます。 …

pythonのゲノム解析で有用物質を発見?

こんにちは。新入社員のFukuです。 アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛?」といわれます。ううんそれはバイソンで、パイソンはニシキヘビです。 なんなら、バイソンと水牛も違う種だし。つっこみが追いつかない! さて、Pyth…

ピカピカの新入社員、会社説明会に参加しました

ピカピカ新入社員のFukuです✨ アメリエフでは、4月以前から少人数向けの会社説明会が開催されています。 私も、昨年就職活動をした者として会社説明会・懇談会に参加いたしまして、学生さんとお話ししております。 学生さん「Fukuさんは、どうしてアメリエフ…

カラフルなマンハッタンプロットを描く

SNP解析、GWASの結果の図示に広く使われるマンハッタンプロット。 これをカラフルにする方法、色の例をご紹介します。 マンハッタンプロットの作図には、統計解析ソフトRの、CRANパッケージ qqmanを利用すると簡便です。 install.packages("qqman") #パッケ…

おまじない #linuxコマンド #初心者

アメリエフブログをご覧の皆さま、こんにちは。 新入社員のFukuです。最近好きなフラグは --help。 毎日、Linuxのコマンドを打っています。 すると、正しいコマンドを打ったつもりなのに、見本をコピー&ペーストしたのに・・・うまく動かない。赤文字のリン…

初めまして。新入社員のFukuです。

平成30年4月にアメリエフに入社しました。Fuku-Iです。 大学院(修士まで)では、動物の生物学を学び、特に卵子に関わる研究をしてきました。 主にネズミを使って実験をする、いわゆるウェットな研究でした。 生体内で起こっている現象を知るためにはこうし…