アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

FastQCをたくさんかけたら・・・| FASTQのクオリティコントロール

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

FASTQをペアリードに分割する

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから

NGS解析と楽しい解析ログ

解析ログが楽しいソフトウェア2選!

空間的なトランスクリプトーム

spatial transcriptome の様々な手法①

2遺伝子を重ねて発現プロット 〜シングルセル Seurat〜

シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。

アメリエフのブログ 人気記事2019

今年も大変お世話になりました。集計の結果、2019年はシングルセルシーケンスが特に盛り上がった年でした。コメントでのリクエストも待ってます^^

アメリエフの隣の駅

社員の日々シリーズ。会社帰りにイルカの巻🐬

【12/3開催】 第8回アメリエフオープンセミナー「次世代シーケンサー (NGS) を用いた遺伝学的検査に関する取り組み」のお知らせ!

「今週のお題:紅葉狩り」の季節ですね! 12月も迫っているのに紅葉狩りの季節とは不思議な感じですが、名所は大変賑わっていると聞きます。 さて、そんな素晴らしい季節にアメリエフ公開セミナーのお知らせです。

Hello world! コンピュータからメッセージ!?

スマートフォンとおしゃべりできる時代... 私の仕事で使うサーバもあいさつくらいしてほしい! 軽い気持ちで .bashrc をいじってみたらscpをめぐる戦いが始まった...?!

バリアフリー

ソフトウェアの警告メッセージに教わった話です。作図のときは、色盲の人にも見分けやすいように色分けしよう。

prefetchがタイムアウト? SRAToolkit 2.10 を使おう

NCBI のSequence Read Archiveからデータを取得しようとしたら、タイムアウトしてしまった私。つい先週公開された最新版のSRAToolkit 2.10 を使おう!

インフルエンザウイルスを調べよう

「はてブロ今週のお題:人生最大の危機」は子ども時代のインフルエンザでした。今日は、打倒ウイルス研究に役立つ!? Influenza Virus Database を紹介しちゃいます。

第49回バイオインフォマティクス勉強会を開催しました

7月の勉強会の模様をお届けします(^-^) 東京では久しぶりの晴れ空となったこの日。 テーマは 1. NGS解析頻出データフォーマット解説 2. Pythonを使ってNGSデータを自分好みのExcelにまとめる。

国際ゲノム会議に参加しました ③New Technology

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第三弾は、NGS新技術について。いまどきは塩基を読み取るだけじゃない!?

国際ゲノム会議に参加しました ②クロマチン・シングルセル

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第二弾は、クロマチンの立体構造解析と、シングルセル解析のこれから!

国際ゲノム会議に参加しました ①バイオバンク・データベース

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第一弾は、UKの研究者が紹介するバイオバンク・データベースの取り組み。-omicsデータの蓄積も進み、データの活用が期待されます。

single cell RNA-seqで、アイソフォーム解析!

bulk RNA-seqでできる解析が、どんどんシングルセルRNA-seqでもできるようになっています。 シングルセルの全長RNAシーケンシング・解析をご紹介!アイソフォームや融合遺伝子の解析に。

BAMファイルの切り取り bedtools intersect ? samtools ?

bamファイルから一部の領域を切り取るときはbedtoolsを使うことが多いですが、ほしい領域が1箇所〜少ない場合はsamtoolsが手軽&高速です。 ツール豆知識シリーズ・新作!(?)

Rスクリプトの使い方 ②Rスクリプトで図を描画

Rで作図するとき、コマンドを一つ一つ打つと出来るのに、Rスクリプトを実行するとうまく描画できないこと、ないですか? Rスクリプトでも問題なく描画するルール2選!

Rスクリプトの使い方

長いコマンドを打つときや、 同じコマンドを繰り返し実行するときは、スクリプト(ファイルに書いておいたコマンド)を使うと便利です。 Rでスクリプトの使い方、2選!

解析の専門家に実験的知識を添えて【シングルセル RNA-Seq】

シングルセル RNAシーケンスの分野で、ご相談により確実にお応えできるよう、 シングルセルのライブラリ調整を勉強してきました!

イノシシとブタのはなし

年末が近づいて参りました。 みなさん、それぞれの年賀状を出しているころでしょうか。 平成31年(2019年)の干支は亥! イノシシ! と、言いつつも... 実は生物分類上は、イノシシはブタと同じ種 Sus scrofa なのです❗️ どちらも常染色体が18対 + 性染色体2…

timeコマンドで計算時間とメモリを調査

東京都港区、新人OLさんからのお便りです。 こんにちは。いつも楽しくブログよんでいます。 Cufflinksというソフトウェアの、解析にかかる時間と最大メモリを調べたいのですが、簡単なコマンドはありませんか? これからもがんばってください。 こんにちは。…

(Rで)VCFにアノテーション "VariantAnnotation" ②

Rに読み込んだVCFに、アノテーションを付加しましょう。 staffblog.amelieff.jp VariantAnnotationの公式説明書はこちらです。 アノテーションの付加には、Bioconducterのアノテーションデータパッケージを利用します。 パッケージ一覧はこちらから見られま…

(Rで)VCFの読み込み "VariantAnnotation" ①

VCF(Variant Call Format)をRで読みましょう! Rパッケージ "VariantAnnotation" をご紹介します。 VariantAnnotationはVCFを読み込み、更にアノテーションパッケージを利用してアノテーションを付与することが可能です。 列の分類やPOS表記に少しクセがあり…

性染色体のgenotype

こんにちは。 VCF(variant call format)ファイルにおける、性染色体のgenotype表記についてご紹介します。 下に、VCFの例を示します。father、つまり男性の情報を見てみます。 fatherの列の左端に、それぞれの変異のGT(genotype、遺伝型)が載っています…

vimを使いながらlsする。vimtutor先生より

コマンドラインで使えるテキストエディタ、 vim 。 使い方は色々なWebサイトや本でも学ぶことができますが、お手軽なチュートリアルが、コマンドライン上にも存在します。 それが vimtutor 。 コマンドライン上に、vimの使い方が表示され、 実際に表示された…

「QMerge」 VCF統合、アノテーション、テキスト出力ソフトウェア

弊社が販売しておりますソフトウェア「QMergepy」のご紹介です。 「QMergepy」は、以下の機能を備えたソフトウェアです。 VCFファイルの統合 データベースのアノテーション タブ区切りテキストファイルに出力 これが こうなる → QMergepy → タブ区切りテキス…

昨日できた計算が今日できない

パソコン苦手な人の「何もしてないんですけどぉ」は、絶対何かしてる ーーコンピューターの不具合あるある よく聞きますね。 ついに自分でもやってしまった新入社員です。 エラー対処の試行錯誤を少しでも減らせればと思い、対策をブログに書いておきます。 …

pythonのゲノム解析で有用物質を発見?

こんにちは。新入社員のFukuです。 アメリエフでPythonを使うんだよ、と情報系でない人に話すと、「水牛?」といわれます。ううんそれはバイソンで、パイソンはニシキヘビです。 なんなら、バイソンと水牛も違う種だし。つっこみが追いつかない! さて、Pyth…