irisがおなじみ、Rの標準データセットや、インストールしたパッケージごとの付属データセットを確認する方法を紹介します。これで新しいパッケージの動作確認もらくらく！？

RNA-seqのデータから発現変動遺伝子（DEG）を経験ベイズモデルで検出するプログラムEBSeqの紹介です。多群比較においてDEGを検出する考え方と方法を丁寧に紹介します。

Rで最初から使える関数（base パッケージ）や、追加の fsパッケージを使って、パスやファイル操作を扱うことができます。 fsパッケージとの違いや、活用方法を２つ紹介します。「ディレクトリを作る・保存先パスを指定する」

エンジニア・マネージャー数名で"朝会"（あさかい）を始めました。リモートワークでは毎日集まり会話するのは貴重な時間かも！いま感じている効果とデメリットをまとめます

scRNA-seq解析のSeuratを使って、オブジェクトからraw countデータ・正規化データなどを選んで呼び出す方法。 難しい「slot」についても解説！

アラインメントファイル（BAM）から、「Depthが10以上のゲノム領域」を示す領域ファイル（BED）を作成する方法を丁寧に解説。便利なソフトウェアbedtoolsのインストール方法も紹介。

edgeR を用いたRNA-seq の発現比較において比較群を定義する時のポイント。これがコントロール群、あれが比較群だよ、とバッチリ指定しましょう！【コマンド例あり】

NGSデータを用いた研究にあたり、測定や解析を内製化するか、外部委託するかはポイントになります。こんな方にオススメ・利用例を公開！

Linuxサーバで、ダウンロードした好きなデータベースを参照して blastnを実行する方法

Linux、R、Pythonのおすすめ入門書です。新入社員も読んでいます！

16S rDNA メタゲノム解析で使われるデータベース、SILVAとgreengenesの違い

統計解析ソフトRで、重複した文字列に『異なる名前を割り振って重複しないようにする方法』を紹介します。行名をつけるときによく使えるかも(^-^)！

CNVの偽陽性を検出するCNVfilteR 論文紹介。仕組みをわかりやすくまとめ・インストール方法

NGSデータから取得した変異データ(VCF形式)をGWAS解析のPLINKに読み込みます。

がん細胞のシングルセルRNA-seq データからCNV コピー数変異を予測するプログラムの紹介です。図の見方も説明。

社員たちの会話＠マスクランチ会

2020年を振り返ります。人材と、新しい技術やサービスが思い出されます。

眠ったままのデータはありませんか？アメリエフに相談して、気持ちよく年末を迎えましょう！

今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します（*＾ー＾*）

本日のテーマはPCR duplicateの除去について。とは？ なぜするの？

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします！

オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて！ おまけ：納豆のはなし

Trinityは de novo transcriptomeアセンブリングツールです。ここまでは有名(?)ですが、アセンブリ済みデータをリファレンスとして利用して、RNA-seqのマッピングや発現比較まで出来ちゃいます。

MacPCをターミナルのコマンド(bash)とマウスを組み合わせて操る、一流仕事術！ （by "一流のほにゃほにゃ"がマイブームのブログ管理人 ）

ディスプレイとノートPCの接触が悪かったとき。ありとあらゆるケーブルを挿し直して検証した結果・・・

サーバとPC間でファイル転送する便利なアプリ"FileZilla" 簡単な紹介 と、筆者が遭遇した謎エラー「PNGをテキストエディタで開ません>_<」の回避策。

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから