アメリエフのブログ

Amelieff Staff Blog

R, Rstudioでスクリプト読み込みは文字コードに気を付けて

今日のテーマはRでスクリプトの読み込み&実行 です。エラーについて聞かれたので、原因である文字コード対策を紹介します(*^ー^*)

リシーケンス解析でのPCR duplicateの扱い

本日のテーマはPCR duplicateの除去について。とは? なぜするの?

バイオインフォマティクスをリモート講義で学習💻実際どんな感じ?

バイオインフォマティクスのトレーニングがオンラインに対応しました。本記事ではお客様目線でその流れをレポートします!

(Rで)オブジェクトの名前を文字列として取り出す。関数内でも使える

オブジェクト(変数)の名前って、ユーザにはもちろんわかるのですが、文字列として呼び出すのがけっこう難しいのです。今日はそんなやり方を紹介。関数の中に入れる場合の例も添えて! おまけ:納豆のはなし

Trinityを使った de novo transcriptome assembly + 発現比較

Trinityは de novo transcriptomeアセンブリングツールです。ここまでは有名(?)ですが、アセンブリ済みデータをリファレンスとして利用して、RNA-seqのマッピングや発現比較まで出来ちゃいます。

Macでターミナルとマウスを適度に使う 小技Best3

MacPCをターミナルのコマンド(bash)とマウスを組み合わせて操る、一流仕事術! (by "一流のほにゃほにゃ"がマイブームのブログ管理人 )

ディスプレイとノートPCの接触を良くするたった一つの方法

ディスプレイとノートPCの接触が悪かったとき。ありとあらゆるケーブルを挿し直して検証した結果・・・

FileZillaの紹介/ファイルを正しいアプリで開く

「PNGをテキストエディタで開けるわけないでしょ!」 サーバとPC間でファイル転送する便利なアプリ"FileZilla" 簡単な紹介 と、筆者が遭遇した謎エラーの回避策。

reseq 解析超入門

「〇〇解析とは」シリーズ1。reseq解析 は、DNAの変異検出を目的とした解析です

pca, tsne, umapの座標を書き出す

シングルセルRNA解析ソフトSeuratで、UMAP, tSNEなどのX, Y座標を取り出す方法です。書き出せばLoupe Browserなど他のソフトでも使えるようになります。

FastQCをたくさんかけたら・・・| FASTQのクオリティコントロール

クオリティコントロールを行う大人気ソフトウェア FastQC。結果をさくっと見るときに役立つファイルと短いコマンドを紹介します。

FASTQをペアリードに分割する

ペアエンドリードのデータ を2つのFASTQファイルにする方法を紹介します。① SRAから②FASTQから

NGS解析と楽しい解析ログ

解析ログが楽しいソフトウェア2選!

空間的なトランスクリプトーム

spatial transcriptome の様々な手法①

2遺伝子を重ねて発現プロット 〜シングルセル Seurat〜

シングルセル RNA解析パッケージ Seuratの便利機能。FeaturePlotで、2つの遺伝子発現を重ねて可視化することができます。

アメリエフのブログ 人気記事2019

今年も大変お世話になりました。集計の結果、2019年はシングルセルシーケンスが特に盛り上がった年でした。コメントでのリクエストも待ってます^^

アメリエフの隣の駅

社員の日々シリーズ。会社帰りにイルカの巻🐬

【12/3開催】 第8回アメリエフオープンセミナー「次世代シーケンサー (NGS) を用いた遺伝学的検査に関する取り組み」のお知らせ!

「今週のお題:紅葉狩り」の季節ですね! 12月も迫っているのに紅葉狩りの季節とは不思議な感じですが、名所は大変賑わっていると聞きます。 さて、そんな素晴らしい季節にアメリエフ公開セミナーのお知らせです。

Hello world! コンピュータからメッセージ!?

スマートフォンとおしゃべりできる時代... 私の仕事で使うサーバもあいさつくらいしてほしい! 軽い気持ちで .bashrc をいじってみたらscpをめぐる戦いが始まった...?!

バリアフリー

ソフトウェアの警告メッセージに教わった話です。作図のときは、色盲の人にも見分けやすいように色分けしよう。

prefetchがタイムアウト? SRAToolkit 2.10 を使おう

NCBI のSequence Read Archiveからデータを取得しようとしたら、タイムアウトしてしまった私。つい先週公開された最新版のSRAToolkit 2.10 を使おう!

インフルエンザウイルスを調べよう

「はてブロ今週のお題:人生最大の危機」は子ども時代のインフルエンザでした。今日は、打倒ウイルス研究に役立つ!? Influenza Virus Database を紹介しちゃいます。

第49回バイオインフォマティクス勉強会を開催しました

7月の勉強会の模様をお届けします(^-^) 東京では久しぶりの晴れ空となったこの日。 テーマは 1. NGS解析頻出データフォーマット解説 2. Pythonを使ってNGSデータを自分好みのExcelにまとめる。

国際ゲノム会議に参加しました ③New Technology

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第三弾は、NGS新技術について。いまどきは塩基を読み取るだけじゃない!?

国際ゲノム会議に参加しました ②クロマチン・シングルセル

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第二弾は、クロマチンの立体構造解析と、シングルセル解析のこれから!

国際ゲノム会議に参加しました ①バイオバンク・データベース

2019年6月25日〜27日に行われた 第13回国際ゲノム会議に社員が参加いたしました。 レポート記事第一弾は、UKの研究者が紹介するバイオバンク・データベースの取り組み。-omicsデータの蓄積も進み、データの活用が期待されます。

single cell RNA-seqで、アイソフォーム解析!

bulk RNA-seqでできる解析が、どんどんシングルセルRNA-seqでもできるようになっています。 シングルセルの全長RNAシーケンシング・解析をご紹介!アイソフォームや融合遺伝子の解析に。

BAMファイルの切り取り bedtools intersect ? samtools ?

bamファイルから一部の領域を切り取るときはbedtoolsを使うことが多いですが、ほしい領域が1箇所〜少ない場合はsamtoolsが手軽&高速です。 ツール豆知識シリーズ・新作!(?)

Rスクリプトの使い方 ②Rスクリプトで図を描画

Rで作図するとき、コマンドを一つ一つ打つと出来るのに、Rスクリプトを実行するとうまく描画できないこと、ないですか? Rスクリプトでも問題なく描画するルール2選!

Rスクリプトの使い方

長いコマンドを打つときや、 同じコマンドを繰り返し実行するときは、スクリプト(ファイルに書いておいたコマンド)を使うと便利です。 Rでスクリプトの使い方、2選!