今日は、統計解析パッケージソフト「SPSS」の年に一度のセミナー「SPSS Data Mining Day 2010」が渋谷であったので参加してきました。 仕事の都合もあって、午前のセッションしか聞けなかったのですが、その午前のセッションの一つに「データマイニングの医…

キムです。 とうとう関東甲信地方も梅雨入りしましたね。 今日は専門的なお話はひと休みして、思い出話をひとつ・・・。 大学時代、友人が「キッパリ!―たった5分間で自分を変える方法」 という本を愛読していました。 自分を変えられるちょっとした行動や心…

先週から、100検体のSNPジェノタイピングアレイデータをCNV解析する方法について、少しずつ紹介してきました。 50人の患者さんから、100検体（腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体）をそれぞれ採取したと想定して、まずサンプル99HI0698C（腫瘍細胞）のジェノタイ…

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 今日はフィルタ機能を使います。 $ filter_cnv.pl と入力しEnterキーを押すと、Usageが表示されます。 一通りのオプションを設定でき…

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 出力されたデータ「99HI0698C.rawcnv」を見ていきます。 chr3:37957465-37961253 numsnp=3 length=3,789 state2,cn=1 99HI0698C.txt …

CNV解析 -CNV領域を決定する１-で、腫瘍細胞から得たサンプル99HI0698Cのジェノタイピング結果について解析を行いました。 入力したコマンドを詳しく見ていきます。 detect_cnv.pl -test -hmm /Users/penncnv/lib/hh550.hmm -pfb /Users/penncnv/lib/hh550.h…

100検体のSNPジェノタイピングアレイデータを、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使って、解析していきたいと思います。 50人の患者さんから、100検体（腫瘍細胞50検体+正常細胞50検体）をそれぞれ採取したと考えます。 まず、サンプル99HI0698C（腫瘍細胞）の…

今日は、スタートガイドを見ながら、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用していきます。 ここでは、Linux（CentOS 5.4 64bit）を使用して、コマンドラインで行います。 サンプルデータを見ていきましょう。 exampleフォルダの中に「runex.pl」プログラムがあ…

今日からは、CNV統計解析ソフト「PennCNV」を使用します。 PennCNVは、SNPジェノタイピングアレイからコピー数多型(CNV:copy number variation)解析を行えるフリーのソフトウェアツールです。 Illumina社とAffymetrix社の各種アレイデータの解析が行えます。…

先週は、フリーの統計解析ソフトウェアRで、シンプルな図を描く作業を行いました。 今日は個人的なお話になりますが・・ 私はRの初心者で、統計計算やグラフィック機能を自由に活用できるようになるために目下勉強中です。 今週末は、社長が主催するRの勉強…

今日は、研究対象の集団の特性を見ていきたいと思います。 ここでの臨床データは、測定数値などの連続変数を対象にします。 臨床データのファイル名は「clinical.txt」にしました。 number Age HT BW BMI Waist HｂA1c Adiponectin IL.6 Leptin 1 51 169.5 5…

昨日は、Rで図を描くために １．データファイルの準備 ２．データファイルの読み込み の２ステップを行いました。 今日は、３ステップ目の「グラフの描画」です。 作図ドライバを起動して、PNG形式の画像ファイルに書き込んでいきます。 「''」の中でファイ…

ここでは、Expression-QTL解析により示唆された複数のeQTL候補のうち、ひとつだけを選び出して、図を作成し保存すると想定して作業していきたいと思います。 Rで図を描くための簡単な手順は以下の通りです。 １．データファイルの準備 ２．データファイルの…

RをCRAN(The Comprehensive R Archive Network)からダウンロードします。OSによってダウンロードするファイルが違うのでご注意ください。 次に、インストールします。 Macintosh の場合は、http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/begin.html Windows・Linux の場…

キムです。 先週は、PLINKを用いたQTL解析やGWAS、Expression QTL解析を紹介してきました。 今日からは、ExpressionQTL解析で有意差が確認されたSNPのデータから、 Rを使って箱ひげ図を作成する作業をしていきたいと思います。 Rは統計計算とグラフィック機…

ブログの右側にある「LINKS」内に、会社関連へのリンクの他に医学の人気ブログランキングと、自然科学の人気ブログランキングへのリンクが貼ってあります。 そのものズバリの名前ですが、人気ブログランキングというブログのランキングサイトに登録している…

今週はPLINKを用いたQTL解析やGWASを紹介してきました。 今日は、SNPジェノタイピングとマイクロアレイを結合させるExpression-QTL解析（eQTL）を行います。 １．サンプルデータを用意します 遺伝子発現量が一定レベル以上の発現マーカーを対象に解析を行い…

これまでQTL解析のお話をしてきました。 今日はPLINKを使って基本的なSNPのデータ解析（GWAS：ゲノムワイド関連解析）を行います。 １．サンプルデータを用意します NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)に登録されているデータが整理されている「遺伝子発現…

前回は３種類のファイルを作成しました。 ファイル名は PEDファイル ：study1.ped MAPファイル ：study1.map Phenotypeファイル ：qt.phe ということで説明していきます。 ある遺伝子型と臨床情報の関係を調べるため、 PLINKでQTL解析を行っていきます。 Lin…

キムです。 今日は東京スカイツリーの話題で盛り上がりました。 下町育ちの私としてはとても気になる存在で、 HPで公開されているすごーく可愛いデスクトップツール（現在の高さも表示される！）をダウンロードして、日々の成長を楽しんでいます。 経理のス…

今日は、フリーのSNP統計解析ソフトPLINKを使用してQTL解析を行いたいと思います！ PLINKのDownloadページからプログラムをダウンロードします。 tutorialに従って一通りの作業していくと、 徐々に使い方が分かってきました。 では、さっそく解析の準備を始…

アメリエフに新しいメンバーがひとり加わりました。 いっそうにぎやかで楽しくなりそうです♪ 本日からは、QTL解析についてお話していこうと思います。 身長や腹囲など連続的な形質（量的形質）を規定する座位を 量的形質座位（Quantitative Traits Loci:QTL…

こちらのブログでも紹介しているプライマー設計ソフト 「Primer3」ですが、セットアップ方法や使い方についての お問い合わせをいくつか頂いております。 Windows版も公開されていますが、 基本的にはCUI（コマンドライン）上で動作させるプログラムなので、…

前回は、Primer3を用いて 複数のプライマー設計を一気に行いました。 条件を設定するだけで、 自動的に、 配列情報を探して Primer3にかけて 結果から必要な情報だけを取り出して 一覧表にしてくれる。 そんなツールを作れないだろうかと考えています。 ゲノ…

会社はJR水道橋駅の駅前にあります。 水道橋駅は、東京ドームに向かう人で大変混み合う場所なのですが、昨日はプロ野球の交流戦「巨人vs西武」の試合があって、それはもう恐ろしいほどの人混みでした。 今日も「巨人vs西武」の試合があるようで、水道橋の駅…

今回と次回は、実際の研究を想定してprimer3を使ってみます。 ある病気の原因遺伝子を探索する研究を考えます。 まず、ゲノム全域を探索する（ゲノムワイド関連解析 = GWAS）ため、 100万SNPのジェノタイピングアレイを行いました。 統計的な検定を行うと、 …

今日は、プライマー設計のお話です。 PCRでDNAを増幅させるとき、プライマーが必要ですね。 私は、 ターゲットとなる配列を眺めながら、 塩基の偏りがなさそうな領域を見つけ出し、 反復配列や相補的配列に気を配りながら、 GC含量やTmを計算して、 おっと！…

指名されてしまったので、出てきました。社長の山口です。 そもそも、社員なのに社名の由来をちゃんと覚えていないことに激しくツッコミたいところですが、だいたいの由来は覚えているようですので、スルーしておきましょう。 さて社名「アメリエフ」の由来…

はじめまして。 バイオインフォマティクス事業部のキムです。 拙い文章ですが、どんどん更新していきますので、 よろしくお願いします。 今回は、自己紹介を交えつつ、 アメリエフという会社を紹介したいと思います。 さて、私は、バイオインフォマティクス…

アメリエフ株式会社 代表取締役社長の山口昌雄です。 会社としてのブログを始めました。 全社員が書き込みを担当しますので、個性あふれるブログにしていきたいと思います。 テーマとしては、バイオインフォマティクスや日々の業務で感じたことなどを、雑多…